Avustralyalı teknoloji girişimcisi Paul Conyngham, beş yaşındaki köpeği Rosie’ye ölümcül kanser teşhisi konulduğunda pes etmeyi reddetti. ChatGPT ve AlphaFold’a yönelen Paul Conyngham, bilim insanlarıyla birlikte kişiselleştirilmiş bir mRNA aşısı geliştirdi.
The Scientist’te yer alan habere göre, ölümcül kanser teşhisi alan köpeği Rosie’yi yapay zekâ yardımıyla kurtaran Paul Conyngham, süreci Today Show Australia’ya anlattı. Conyngham, hasta köpeğinin tümörünü aldıktan sonra DNA’sını dizilediklerini ve dizilimi belirlemek için ChatGPT’den faydalandıklarını anlattı. Conyngham, “Tümörünü aldık, DNA’sını diziledik, dokudan veriye dönüştürdük ve ardından bunu DNA’sındaki sorunu aramak için kullandık ve buna dayanarak bir tedavi geliştirdik” dedi.
İlk adım ChatGPT
Veri analisti olan ancak biyoloji geçmişi bulunmayan Conyngham, bir tedavi bulmasına yardımcı olması için ChatGPT’ye başvurdu. İlk adım, Rosie’nin tümörünün DNA’sını dizilemekti; bunun için Conyngham kendi cebinden birkaç bin Avustralya doları ödedi. New South Wales Üniversitesi (UNSW) Ramaciotti Genomik Merkezi’nde görevli hesaplamalı biyolog Martin Smith ile birlikte çalıştı. Smith, genom dizileme verisiyle çalışmanın getirdiği hesaplama yükü nedeniyle bu alışılmadık talebe başlangıçta şüpheyle yaklaştı. Conyngham ise, tümörde bulunan neoantijenleri belirlemek için ChatGPT’yi ve protein yapılarını tahmin etmek için Google DeepMind’in AlphaFold’unu kullanarak veriyi analiz etmekte sorun yaşamayacağını söyledi.
mRNA aşısı üretildi
Proteinin hangi bölümlerinin kişiselleştirilmiş bir mRNA aşısı üretmek için kullanılabileceğini belirledikten sonra, UNSW RNA Enstitüsü’nde biyo-mimetik kimya uzmanı olan Pall Thordarson’a başvurdu ve Rosie’nin neoantijenleri için DNA şablonundan mRNA üretmesini istedi.
Thordarson’un ekibi terapötik amaçlarla yüzlerce farklı mRNA molekülü üretmişti, ancak daha önce bir kanser aşısı üzerinde çalışmamıştı; bu nedenle iş birliği fırsatını değerlendirdi. Thordarson, fikrin ilginç olduğunu düşünmesine rağmen, belirli bir şüphe taşıdığını ve bir aşı üretilebilecek zamana gelindiğinde Rosie için artık çok geç olacağını varsaydığını söyledi.
Thordarson ve meslektaşları iki ay içinde aşıyı üretirken, Conyngham da aşının Queensland Üniversitesi’ndeki Rosie’nin veterineri tarafından uygulanabilmesi için uzun etik başvuru süreci üzerinde çalıştı. Conyngham, değişimin hızlı ve dikkat çekici olduğunu söyledi. Rosie, bir ay içinde sınırlı hareket kabiliyetinden bir tavşanı kovalamak için çitin üzerinden atlayabilecek duruma geldi.
"Tümörler küçüldü ancak tam tedavi değil"
Kişiselleştirilmiş mRNA aşısı bir bağışıklık kontrol noktası inhibitörü ile birlikte uygulandığı için, hangi tedavinin en büyük etkiyi yarattığını ayırt etmenin zor olduğunu belirten Thordarson, aşının Rosie’nin en büyük tümörlerini ciddi şekilde küçülttüğünü ancak bir tedavi olmadığını söyledi. Conyngham, “Bence Rosie’nin yaşam süresine ve sağlıklı yaşam süresine önemli ölçüde katkı sağladı,” dedi.
İnsanlarda uygulanabilir mi?
Projede yer almayan MD Anderson Kanser Merkezi’nde görevli hekim-bilim insanı ve radyasyon onkoloğu Steven Hsesheng Lin, “Conyngham’ın ChatGPT’yi dizilimi belirlemek ve RNA aşısını üretmek için kullanmış olması ve ardından bunu oldukça hızlı bir şekilde üretip enjekte edebilmiş olması dikkat çekici ve son derece ilginç” dedi.
Bu yaklaşımın insanlara uygulanıp uygulanamayacağını merak edenler için Lin, şu anda kişiselleştirilmiş mRNA aşılarının, akciğer kanseri olan insan hastalarda bağışıklık kontrol noktası inhibitörleriyle tedavinin ardından neoadjuvan tedaviler olarak kullanımını araştıran bir Faz III klinik çalışmanın yürütüldüğünü belirtti. Lin, “Bizi asıl geri tutan şey, bu aşıları üretme hızımız,” diye ekledi.
