Eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, ''FETÖ'nün siyasi ayağı'' tartışmasında, askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasal düzenlemeye dikkat çekmişti. Teklifin "FETÖ'nün direktifi ile hazırlandığını" ileri süren Başbuğ, "O düzenlemede kimin imzası varsa siyasi ayak oradadır" demişti. Bu açıklamaların ardından o yasa teklifinin altında imzası bulunan dönemin AKP milletvekilleri, Başbuğ hakkında suç duyurusunda bulunmuştu.
Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’nın hazırladığı iddianamede, Başbuğ hakkında; “kamu görevlisine görevinden dolayı hakaret” suçlamasıyla 4 yıla kadar hapis cezası talep edilmişti.
Bağbuğ, hakkında açılan davayı, sosyal medya hesabından yaptığı paylaşımla değerlendirdi. Başbuğ, şu açıklamayı yaptı:
“2011’de terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanan ve yaşamından 26 ay çalınan 26. Genelkurmay Başkanı on yıl sonra da açılan iki ayrı davada, kamu görevlilerine hakaret ve halkı kin ve düşmanlığa tahrik etmekle suçlanmıştır!”